一、「保存年限」係指辦理 COVID-19疫苗採購相關公文之保存年限，考量該等採購公文重大性，故將公文「保存年限」最長者訂為30年，未滿30年不得銷毀，並非解密年限。其中公文應以「密件」為之，係指公文處理、傳送過程應採取之保護措施。
二、「保密期限」係指疫苗採購合約內容屬商業上承諾之應保密事項，與各廠商契約之應保密期間長短不同，契約保密年限屆滿後，即可對外公布合約內容。
三、衛生福利部薛瑞元部長已於今(2022)年10月6日立法院財政委員會中，向立法委員說明各疫苗廠商同意於國會揭露各該疫苗合約之保密年限。
四、外界推測高端疫苗採購單價，皆為不實推估，數字本身錯誤，亦無所謂價差之情事，又因本案與高端公司簽訂保密合約，保密期限過後，即可公開相關資訊。
五、另有關高端疫苗交貨延遲罰款一事，皆依據採購契約規定辦理。除逾期部分計罰每日逾期違約金，另廠商逾期30日以上仍未能履約之計罰，已於今年3月24日驗收完成時，依契約規定計罰，絕無不法之情事。
六、指揮中心重申，政府採購疫苗係以是否符合國人健康利益為優先考量，COVID-19疫苗區分為腺病毒疫苗、mRNA疫苗及次單元疫苗，各款疫苗性質不同，高端疫苗屬於次單元疫苗，特性是副作用小，故採購高端疫苗提供民眾多元選擇。針對日本未將高端疫苗列為入境許可名單一事，民眾接種不同COVID-19疫苗考量因素各異，出國與否非唯一考量，相關政府部門也會持續與日方協商溝通。
指揮中心強調，COVID-19疫苗採購皆接受立法院監督，並成立疫苗採購調閱專案小組供立法委員調閱，同時接受審計部及監察院之查核及約詢監督。少數人士在無事實根據下，做不實揣測，皆與事實不符。
指揮中心呼籲，全球面對COVID-19疫情逐漸走向開放邊境，邊境管制措施亦將逐步開放，請民眾依需求擇合適疫苗廠牌，儘速完成疫苗接種，以保障自身健康與權益。