依據溫室氣體減量及管理法規定，農林部門肩負農業溫室氣體減量、森林資源管理及碳匯功能強化，以及糧食安全確保之責。農委會每年依據國際計算方式，估算農林部門溫室氣體排放及吸收量，最新估算結果顯示，2018年溫室氣體排放量為5,806千公噸二氧化碳當量，碳匯量則為21,507千公噸二氧化碳。農林部門溫室氣體吸收量遠大於排放量，對國家減碳有正面貢獻。
農業溫室氣體排放量呈減少趨勢，林業碳匯大致維持穩定
農委會說明，近年受氣候變遷影響，季節異常及極端天氣發生頻率加劇，造成全球性生物衝擊，而新冠肺炎疫情也促使國際間再次提升對糧食安全確保之重視，如何兼顧環境生態與農業永續發展已成為重要課題。農業部門溫室氣體排放來源可區分為燃料用油、用電的燃燒，以及生產過程的非燃料燃燒兩大區塊，在非燃料燃燒部分，因我國加入WTO及經貿自由化導致國內耕種面積、畜禽飼養量減少，以及推廣合理化施肥、有機友善耕作及回收畜禽糞製成有機質肥料等政策，溫室氣體排放呈現逐年減少趨勢；在燃料燃燒部分，自2004年起調整漁船用油補貼措施及考量永續漁業發展推行實施獎勵休漁計畫，漁業用油急遽減少，然因近年氣候變遷直接衝擊農業生產，為穩定國內蔬果農產供應及維護糧食安全，所推行之農業生產自動化、冷鏈物流等措施，以及推廣增設強固型農業設施及冷藏（凍）設備等，致農業用電量提升，近年燃料燃燒排放量呈微幅上升趨勢，惟綜觀整體近20年而言，農業部門溫室氣體仍呈減少趨勢。
農委會指出，在林業碳匯方面，由於區域計畫法、森林法對於林業用地變更以及森林伐採均訂有相關規範，且自1992年起即實施禁伐天然林政策，國內林地變更使用之情形極少，林業部門每年碳匯量自1990年以來大致維持穩定，2018年為21,507千公噸二氧化碳，可抵銷當年全國排放量之7.25%。
農委會持續積極推動有機及友善耕作、畜牧場沼氣再利用（發電）及造林政策等溫室氣體減量措施，期兼顧農業生產環境維護及確保糧食安全，建構能適應氣候風險的永續農業。
農業溫室氣體占全國排放比例低，面對氣候變遷角色定位再思考
農委會說明，農業生產在全球溫室氣體排放上背負惡名，主要係因反芻動物於消化過程中產生大量溫室氣體所致。我國非屬大農國家，且農產業結構仍以農作物耕種為大宗，畜牧產業非以飼養反芻動物為主力，故國內農業生產之溫室氣體主要以氮肥施用於農業土壤排放為主。2018年我國農業部門溫室氣體排放僅占全國溫室氣體排放總量之1.96%。
農委會表示，今年因疫情衝擊，造成國際貿易供應鏈斷鏈、到貨遲滯，我國屬海島國家，全球貿易順暢與否涉及糧食安全層級，如何調適因應氣候變遷直接衝擊並強化糧食自給能力將是我國未來農業發展重要工作，日本針對溫室氣體減量議題於2015年提出《國家自訂預期貢獻》即未列農業部門減量目標，建議我國或可參照日本經驗，綜合考量溫室氣體減量成本及維護國家糧食安全等面向，重新思考農業部門面對氣候變遷議題之角色定位。